Správné přezimování jiřinkových hlíz je základní podmínkou jejich úspěšného pěstování v dalším roce. Aby hlízy dobře přezimovaly, musí být dobře vyzrálé a vyvinuté. Hlízy přehnojených rostlin přezimují špatně, protože jejich pletivo je řídké. Přihnojování jiřinek proto skončíme do konce července, nejdéle do počátku srpna. Klesne-li teplota pod bod mrazu, což bývá u nás obvykle koncem září, zničí noční mrazíky květy i listy jiřinek. V tuto dobu však bývají hlízy již natolik vyzrálé, že je možno je sklízet.

Hlízy sklízíme pokud možno za suchého počasí, tedy v období, kdy půda není příliš mokrá. Mokrá, zvláště těžší zemina, ulpívá na hlízách a značně ztěžuje jejich čištění. Hlízy jsou poměrně dosti křehké a snadno se rozlamují, proto je dobýváme ručně a co nejopatrněji. Nejvhodnější pomůckou jsou rycí vidle, s nimiž je práce daleko snazší než s rýčem. Při pěstování ve velkém je možné sklízet hlízy vyoráváním. Musí se však pracovat velmi opatrně, aby hlízy nebyly poškozovány pluhem.

Při sklízení hlíz nejdříve seřízneme nadzemní část rostliny ve výšce asi 10 cm nad zemí. Pak začne vlastní dobývání. Nejlépe se pracuje ve dvou. Rycí vidle zaryjeme do země v dostatečné vzdálenosti od rostliny, aby hlízy nebyly poškozeny nářadím. Po vyrytí se hlízy vyjmou ze země, zhruba očistí od přebytečné zeminy a uloží na připravené lístky. Je samozřejmé, že musíme dbát, aby každá odrůda byla spolehlivě označena. Pokud se nesklízí velké množství hlíz stejné odrůdy, je dobře označit každou hlízu visačkou. Ušetříme si tím různé odrůdové nesrovnalosti na jaře při množení a sázení. Pracujeme-li s velkým množstvím materiálu, ukládáme hlízy jiřinek na lísky a každou lísku označujeme zvlášť.

Před uložením na zimu je nutné ponechat hlízy oschnout. Je-li slunečné počasí, ponecháme hlízy po jejich vyrytí 1 – 2 hodiny volně na slunci a potom je dáme na lísky do stínu volně na vzduchu oschnout. Jestliže není možno hlízy ihned uklidit a zůstanou přes noc na poli, musíme je zakrýt, aby je nepoškodil případný noční mrazík. Hlízy přikrýváme plachtou, pytli, rohožkami, slámou, někdy jen stařinou.

Pro přezimování vybereme vhodné skladiště, které musí být suché a vzdušné a kde teplota nesmí klesnout pod nulu. Nejvhodnější pro skladování je stálá teplota 4 – 6 °C. V malém množství se mohou hlízy uskladnit ve sklepě, pokud není příliš vlhký. Pro přezimování ve velkém ve speciálních podnicích se pro tento účel budují zvláštní skladiště. Jsou to prostorné, vzdušné prostory, kde je možno teplotu i vlhkost vzduchu řídit. Kromě jiřinek se nechávají přezimovat také hlízy mečíků, které mají na skladování v zimě podobné nároky. Vyšší teplota během zimního období je nežádoucí, protože hlízy jiřinek začínají předčasně rašit.

Nejvhodnějším zařízením pro přezimování jsou dřevěné lísky, jaké se používají k předkličování brambor. Jsou vzdušné a mohou se snadno skládat na sebe do výšky až 2 m, takže se skladovací prostor může dobře využít. V malém měřítku se mohou k tomuto účelu použít i platónky po různém ovoci z dovozu, které velmi levně prodávají obchody s ovocem a zeleninou. Hlízy se kladou na lísky volně, nebo do slabší vrstvy suché rašeliny či suchého písku. Dobře je klást hlízy stonkem dolů, aby se případná vlhkost nemohla držet v dutém zbytku stonku, a tak se omezilo nebezpečí zahnívání od vlhkého stonku.

Uskladněné hlízy je třeba během zimy občas prohlížet a kontrolovat jejich zdravotní stav. Obyčejně se přerovnávají lísky. Hlízy, které začínají hnít nebo plesnivět, očistíme, napadené části odřízneme a zasypeme práškovým dřevěným uhlím. Tato zimní kontrola by měla být provedena aspoň jednou za 4 – 6 týdnů. Tam, kde není možnost dobrého větrání, musíme tuto prohlídku provádět častěji, stejně jako tam, kde je skladovací prostora vlhčí.