V letech 1942 až 1945 nastala v činnosti společnosti i šlechtitelů velká stagnace. Byla to protektorátní léta plná zloby a krutých překvapení. Byl zatčen jednatel společnosti Josef Šetek, který v té době vystřídal Hynka Volkmera, a zakladatel, čestný člen a správce pardubické zahrady architekt Václav Vetešník. Zásluhou vrchního zahradníka Karla Kovárníka se však zachránilo mnoho českých výpěstků, neboť i v této době spolkové nečinnosti se s nevšední péčí staral o pardubickou zahradu dále.